Im Referat Archäologie sind verschiedene Schwerpunktprogramme entwickelt worden, die im Rahmen der denkmalpflegerischen Aufgabenstellung die Forschungslandschaft in Niedersachsen entscheidend mitgestalten, so z. B. in die Montanarchäologie, die Moorarchäologie, das Projekt Schöningen u.a. mit dem Fundplatz der ältesten Speere der Welt und die Erforschung der "Siedlungskammer Rullstorf." Schwerpunktprogramme und Projekte entstehen aus der täglichen denkmalpflegerischen Arbeit, wobei die Rettung und Dokumentation archäologischer Befunde und Funde vor der endgültigen Zerstörung immer das Hauptziel ist.
Die Ergebnisse all dieser Arbeiten kommen unmittelbar den Regionen zugute. Ein breiter Informationsfluss bis auf die Ebene der Gemeinden stellt sicher, dass auf allen Gebieten der Archäologie, nach dem Stand der Forschung und den anerkannten Regeln archäologischer Denkmalpflege und Forschung professionell gearbeitet werden kann. Ohne die enge Kooperation mit den Natur- und Geisteswissenschaften an den Hochschulen und den außeruniversitären Forschungseinrichtungen ist moderne Archäologie nicht mehr zu denken. Der Einsatz von EDV und CAD ist schon fast alltäglich geworden, erfordert aber feste Teams, die komplexe Abläufe z. B. bei der digitalen Erfassung im Gelände oder der Datenbankerstellung für die Inventarisation bzw. im Grabungsgeschehen dann auch mit der nötigen Wirtschaftlichkeit und größeren Leistungsfähigkeit bewältigen können. Hierzu gibt es ermutigende Beispiele, wie z. B. in der Montanarchäologie.
Das Referat Archäologie unterhält zur Zeit folgende Schwerpunktbereiche:
- Burgenforschung
- Montanarchäologie
- Moorarchäolgie
- Paläolithikum / Mesolithikum und Projekt Schöningen
- Siedlungskammer Rullstorf